在完成北京天文台博士后研究工作后，1988年10月，我转入清华大学无线电系（电子工程系）做第二期博士后研究工作。我到清华无线电系继续做博士后，基于这些考虑：（1）流动性。当年的国家工作人员（“干部”）不是可以随意更换工作单位的。而在“博士后流动站”完成研究工作的“出站人员”，可以随意挑选工作单位，当然也要工作单位同意接收。这就是所谓的“双向选择”。工作期满离开博士后流动站，不需要建站单位同意，只要通知北京博士后管理委员会。我喜欢流动性。再做一期博士后，可以把挑选最后工作单位的决定推迟。（2）变换工作。我从1978年考上研究生开始，一直是围绕射电天文学习和研究。研究对象即射电天体，与地球的距离以光年为单位，与人间生活毫无关系。到无线电系做研究，可以把我最擅长的最大熵方法和图像处理技术应用于人间。（3）清华的工作和生活条件很好。
我去清华无线电系的手续是副系主任陆大经（纟金）教授帮助办理的。我属于信号处理与检测教研室（原名“雷达教研室”依然通用。无线电系另有一个“图像处理教研室”），时任教研室主任孟宪元（副）教授是我的直接上司。茅于海教授是我的“老板”。茅老师极力主张我搞合成孔径雷达研究。他对我说：你搞合成孔径雷达，再合适不过了。你（原来的研究）又是合成孔径（天文界称综合孔径）射电望远镜，又是图像处理，又是最大熵。 而我也对合成孔径雷达很有兴趣，一拍即合。这里顺便说一下，合成孔径雷达是“863”计划的一个重要项目。（“863”计划即1986年3月提出并得到批准的“高技术研究发展计划”。） 当时有8个科研单位和大学参与。清华不在此列，但试图挤进去。
研究新课题，从学习开始。我每天的工作主要是到学校图书馆查文献，借书，复印资料，拿回办公室阅读。冬天天气很冷，在进入图书馆时，被告知必须脱下大衣，挂在入口处的衣架上。据说是为了防止有人把书藏在大衣下面夹带出去。我这才知道，清华大学里有人窃书（说偷书太难听）。我想，既然有人窃书，一定有人窃大衣。因此，我就不再穿大衣去图书馆了。
1989年4月，我在系里做第一次开题报告。在一个大教室里，我在讲台上讲解合成孔径雷达的基本原理，台下有二十几位听众。原定两周后做第二次开题报告，因为学潮兴起而被取消。学潮愈演愈烈，我也卷入其中。最终，我在系里无事可干，决计去科学院避风。从8月开始，我每天到位于中关村的理论物理所上班，当客座研究人员。我只是有时回清华无线电系看看，领工资，查信件。
1990年2月，我到位于玉泉路的中科院研究生院继续当兼职教师，每周一次，讲授最大熵方法。6月，考试完毕。一天，我去研究生院电子部主任李象霖老师家里交学生的成绩单。还有4个月的时间，我就要从清华“出站”。我们谈论出站后的工作去向。李老师对我说：我见到陆大经，对他说：吴某某研究工作做得好，课也讲得很好，你们要把他留下来。陆大经听了，回答道：（清华）不能留他，是学校的决定。这不是我们（无线电系）能够决定的。
听了李老师这些话，我彻底放弃出站后留在清华工作的想法。我当初去清华，基于三个考虑。1989之后，我的想法反转。（1）流动性。这是第二期博士后，做完之后挑选最后工作单位，必须非常慎重。留在清华，一定会给我小鞋穿（其实已经穿过了）。（2）变换工作。我要把我的知识应用，从人间转回到天上，决不参与合成孔径雷达之类的研究，那是有军事用途的。（3）清华的工作和生活条件，不再对我有吸引力。
我的首选是北京天文台，我是天文台1978级研究生，从天文台出国，学成归国后在天文台做过两年博士后，那里有许多老师和同学以及我教过的学生。我到我的研究生导师王绶琯先生家里，说了自己的想法。王先生对我说：回到科学院来吧，这里宽松一些。如果你想回天文台，要去找李启斌。（当时王先生是天文台名誉台长，李启斌是台长。）
几天后，我到中关村的一个公共电话亭给李台长打电话。我不在清华校内打电话，是担心被窃听，被他们提前知道我出站后的去向。这个担心是有道理的。我回到天文台工作后，他们还做手脚，这是后话。我在电话中说：我的第二期博士后即将结束，希望出站后回天文台工作。 李台长一听，立即回答道：欢迎，欢迎！ 于是，“双向选择”成功。
离出站时间越来越近，孟宪元老师多次问我，做完博士后准备上哪里工作。我每次都回答：还没有想好。 博士后出站之前，有两件事是必须做的。第一件事是做“博士后出站报告”。孟老师叮嘱我，报告中要有新的研究成果。 这个不成问题，当然是有的。问题是如何选取。经过考虑，我故意选取他们可能最不感兴趣的内容，因为我不想做这个报告而又不得不做。出站报告在一个大教室里举行，有几十位听众。我报告的两项成果是：（1）最大熵解的一致性。（2）用最大熵方法推导理想气体分子速率的麦克斯韦分布律。果然，报告中和报告后，没有任何人表现出兴趣，没有任何人提问。 第二件必须做的事是填写“博士后研究人员工作期满登记表”。这是北京博士后管理委员会发的表，内容只与研究工作有关。我在完成第一期博士后时在北京天文台填过这种表。但是，这次多了一张表，清华大学博士后出站人员政审表。清华在1989后创造了这种政审表，不愧为“党校”。我在自我鉴定一栏写了一些中性的无关痛痒的话。其他鉴定栏目，由系、校填写。我不知道他们写了什么，那些内容是不让我本人看的。
1990年10月的一天，我从清华搬出。当年的北大同学帮我找了一辆小卡车运送物品。为了运送物品的小卡车出清华校门，我到系办公室开了一张搬家证明。凭这张证明，出了清华西门。我在清华无线电系的两年博士后宣告结束。
我回到北京天文台，在射电天文研究室工作。我很快就被聘任为副研究员，成为研究生导师。清华把1989的材料，转到北京天文台。于是，又引起一连串的故事。这些故事，已经在我的回忆文章，“老吴曾经是海归（三） – 海归归海”中讲过了。