西汉时，匈奴猖獗，边患无已。忍无可忍，汉武帝派大将军卫青等率军反击。公元前121年，霍去病出击河西漠北，一路凯旋，斩首12万，匈奴远遁。汉武帝在河西走廊设武威，张掖，酒泉和敦煌四郡，敦煌郡为其最西端。自此河西走廊成汉家天下，也成为交流东西方商贸和文化的重要通道，即丝绸之路。茫茫黄沙中，驼铃叮咚，满载货物的骆驼队络驿不绝。僧侣修士和取经者也参杂其中，当时盛行西域的佛教也经由此路传到长安，进入中原，成为中国最主流的宗教。
敦煌城西南50里处，有座鸣沙山。前秦建元二年（366年），僧人乐僔路经此山，忽见对面三危山上金光闪耀，如现万佛。他不懂这是沙漠里的海市蜃楼，以为是佛光显现，于是便在岩壁上开凿了第一个洞窟。此后法良禅师等又继续在此建洞修禅，称为漠高窟，意为沙漠高处的洞窟。后世因漠与莫通用，便改称为莫高窟，这便是莫高窟的起始。后来朝代的帝王们大多崇信佛教，在这里不断开凿洞窟，到了唐代武则天时，已有洞窟千余个，达到极盛。但后来逐渐衰落，以修建前朝洞窟为主，很少再凿新洞。元朝之后，特别是明初封锁嘉峪关之后，丝绸之路被废弃。敦煌繁华不再，莫高窟遂被世人遗忘，默默地埋没在荒漠中达四百年之久！
18世纪初，康熙平定西北，敦煌再次有了人烟。莫高窟也被人发现，成为香客们礼拜之所，但总体上还是默默无名，然而一个叫王圆箓的道士却改变了莫高窟的命运。王道士生于陕西，因饥荒流浪到酒泉。因衣食无着当了道士，1897年云游到莫高窟。见到洞窟破败无人守护，就住进洞内，靠香客的施舍为生。他清扫第16窟的淤沙即用了两年时间，1900年6月22日，他在清除了沙尘的洞壁上发现一个门洞，打开之后，发现里面藏有从西晋到北宋的5万多件经卷、文书、绘画，大约是北来中期为避乱而封藏于洞中的，这个洞就被称为藏经洞。
藏经洞文物的发现，让王道士大吃一惊，以为是神物。他花了7年时间，携带经卷拜访了各级领导，但没人理睬。他甚至给慈禧太后敬献了两箱，也未引起老佛爷的重视。1907年，英国探险家斯坦因来到莫高窟，看见这些经卷大喜过望。花了500两银子，买走了24大箱文物，其中有长1丈多的唐绣观音和我国现存最早的雕版印刷品《金刚经》，另外还挑选了5箱精美绘画艺术品，运回英国后收藏于伦敦大不列颠博物馆。斯坦因淘宝的消息传开后，各国文物贩子纷至沓来，运走了大量文物。清廷的各级官吏也加入了掠夺，把文物据为己，大多数后来都损毁和遗失了。
听到洋人说好，1909年清朝才下令将藏经洞所余文物全部运往北京，运输途中经卷又被沿途的官员们盗窃损坏了不少，最后仅剩8697件，存放于京师图书馆。王道士的下场也很惨，附近的乡民们传说他卖文物得了十万大洋，逼着他拿出来大家分，听说他被逼疯了，最后在穷困潦倒中孤零零地死去。
莫高窟现在还保存有洞窟735个、壁画4.5万平方米、泥质彩塑2415尊，是世界上现存规模最大、内容最丰富的佛教艺术地。近代以来，又发现了藏经洞，内有5万余件古代文物，并衍生出了一门专门研究藏经洞典籍和敦煌艺术的学科：敦煌学。但莫高窟在近代以来受到许多人为的损伤，文物大量流失，其完整性已被严重破坏。目前，莫高窟被列为世界文化遗产。莫高窟与山西大同云冈石窟、河南洛阳龙门石窟、甘肃天水麦积山石窟并称为中国四大石窟；而莫高窟与云岗石窟、龙门石窟和重庆大足石刻则是中国境内被列入联合国教科文组织世界文化遗产名录的四座石窟。
为了更好地保护莫高窟文化遗产，现在，所有的洞窟都安装了铁门。每个铁门都上锁，要进入必须领取钥匙。洞窟内不安装电灯，导游拿到钥匙开门后，用很小的手电筒照亮壁画，向游客们讲解。讲完出洞后立即锁门，钥匙上交。导游也全部是景区内部导游，外面的导游不得进入景区。景区规定，全部莫高窟只有12个洞窟对游客开放。夏季人多，每个旅游团只能看4个，冬天淡季可以看6个。老芦到访时是10月18日，淡季刚开始，所以看了6个窟。其间又混入另外的旅行团多看了2个，总共看了8窟。不像龙门和云冈石窟的雕像，莫高窟洞内的彩绘壁画对光线很敏感，极易损坏。所以洞内严禁拍照，违犯者将遭到重罚！游客也很自觉配合，没见到一道闪光灯的亮光。
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 莫高窟三危揽胜牌坊，背景是三危山，因有三峰如同船上三桅被称为三危山。公元366年，僧人乐僔路经此山，忽见对面三危山上金光闪耀，如现万佛，在此开凿了莫高窟的第一个洞穴。  三危景区藏经洞陈列馆，展示藏经洞里的一些经卷和历史。  为纪念王圆箓发现藏经洞100周年而重修三清宫碑记  三危山前的墓塔  16-17号窟是王圆箓发现藏经洞的地方，17号窟在16号窟内，所以共用一道门。  国学大师陈寅恪的感慨  西藏喇嘛参观莫高窟
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