麦哲伦为西班牙出征，葡萄牙国王闻讯大怒，害怕麦哲伦的成功会损害葡的利益，就秘密收买麦哲伦手下的船长，让他们在适当的时机杀害麦哲伦。但麦哲伦出身贵族，富于军旅经验，在王室上层也广有人脉，也得到此密报而预做防范。
他们抵达巴西后，然后沿着南美洲的东海岸向南航行了七千多公里，超过以往的任何探险者。他们探测每一个可能横穿美洲的水口，在有一条河口就探索了15天，均不成功。南美洲真是长啊！麦哲伦做了最坏的打算，万一没有通路就绕过美洲最南端向西进入“大南海”，如同达伽马绕过南非的好望角一样。再万一，如果美洲与南极大陆相连，没有任何海峡通道，那只有向世人宣告美洲由海路不可逾越，此路不通，打道回府！
1520年3月30日，舰队到达阿根廷南部的圣胡安港，在遭遇了一连串的挫折后，船员们都情绪沮丧。因天气渐冷，食物短缺，麦哲伦决定在此过冬。水手们离乡背井，在海上航行半年多了，生活艰苦，思乡情切，不愿在此过冬，要求立刻返航回家。这时五艘船里三个船长认为时机成熟，就在4月1日发动了复活节哗变，哗变的主谋是卡塔吉纳。这位卡塔是西班牙一个很有权势的大主教的侄儿，有明确证据显示，他是大主教的私生子，说是侄儿不过是掩人耳目而已。他是是个簿记，完全不懂航海，但被国王任命为舰队中最大舰只圣安东尼奥号的船长。国王还任命他为副帅，拥有向国王密报的专奏权，这也埋下了兵变的祸根。卡塔恃宠而骄，屡屡蔑视麦哲伦的权威，不懂航海，却外行领导内行，常常指摘哥伦布的命令。哥伦布也不是善茬，将在外君命有所不受，在一次公然抗命之后，麦哲伦把卡塔抓起来囚禁在维多利亚号底舱，并任命马斯奎托为船长。复活节那天，卡塔与维多利亚号船长串通，回到圣安东尼奥号，逮逋了马斯奎托，宣布哗变。要求把麦哲伦捆锁起来押回西班牙受审，说他把舰队带上死亡之路。
麦哲伦毫不慌张，因为军旅出身的他富有实战经验，早已在各舰中安插了很多他的亲信。更加着意笼络旗舰的水手，并对他们进行了正规的格斗训练。得到叛乱的消息后，他派出一艘乘载5人的小艇来到门多萨的叛舰维多利亚号，表示同意与他谈判。等水手们上舰后立即拔出利刃刺杀了门多萨，与此同时，另外有几只小艇偷偷接近，60多个武装的水手从船的另一侧爬上甲板，控制了叛船。另一艘叛舰康塞普辛号的锚绳被麦哲伦派去的小艇水手悄悄砍断，船体就漂移到了旗舰特立尼达强大的火力射程之内，随时可能被击沉。麦哲伦妹夫瑟拉诺统领的圣地亚哥号也虎视耽耽地包抄过来。两艘叛船上的众水手见大势已去，纷纷降服，哗变告终，麦哲伦恢复了对舰队的绝对控制权。
麦哲伦对叛乱者进行了严厉的处置，门多萨的头被砍下来，康塞普辛号船长也被绞死，与门多萨的尸体都被裂解成四块，插在岸边的木桩上。而卡塔是国王亲自任命的，打狗要看主人面，免其不死。麦哲伦把他和另三个哗变主谋一起流放到一个荒岛上，并且给他们留下一些水和食物，任其自生自灭，也算是仁至义尽了。从此再也没有听到卡塔的消息，估计是饿死在荒岛上了。
在圣胡安港的越冬期间，船员们找到了当地的土著“大脚人”，补充了淡水和食物，并对附近的河口进行了探索。不幸在探索时，圣地亚哥号被风暴打翻沉没，所幸无人员损失。8月24日，麦哲伦率剩下四艘船，起锚南下，两天后到达圣地亚哥号沉没的河口，因气候不好，在这里又休整了近两个月再继续南下。也许这次休整不太必要，因为这里离他们一心寻找的海峡通道仅仅是一步之遥，可谁能会神机妙算呢？！
10月18日，舰队继续向南，三天后到达位于南纬52度的处女角。绕过处女角西行，是一片望不到边的开阔海湾。进一步深入的探索发现，这条水道不是河流，因为她有潮汐而且水是咸的，肯定是条海峡，也就是他们千辛万苦寻找了一年多的通往大南洋的水道，今天被称之为麦哲伦海峡。通往东方的海路被找到了，舰队一片欢腾。然而欢乐是短暂的，因为麦哲伦宣布了他的决定，穿过海峡，继续向西航行直到印度再回西班牙。于是开始了激烈的争论，不少人说，既然找到通路了，就该返航，以后再组舰队直航海峡，再西进东方香料之岛。但是麦哲伦力排众议，命令继续西进，因为香料之岛已经不远了，我们要满载香料，胜利凯旋！
圣安东尼奥的船长马奎斯托带着麦哲伦的指示回到船上，但是立刻被戈梅兹带人绑起来。大船立即拔锚，趁着夜色逃进大西洋，回到了西班牙，戈梅兹被国王以逃叛罪抓进了监狱。两年后听到九死一生回到西班牙水手的描述，国王赦免了戈梅兹，并资助他到北美洲探险，希望他能从北美找到一条通往大南海的水道。1524到1525年，戈梅兹在北美和加拿大的东北部探险一年多，获得大量地理资料，为北美洲的进一步考察和开发作出了重大贡献。在北美期间，他抓了50个印第安人带回西班牙，献给国王。并建议做奴隶贩卖生意获利，国王很震惊，把这些印第安人都释放了。
在圣安东尼奥舰逃叛后，麦哲伦率领剩下的三条船继续他的征途。穿过近1千公里的麦哲伦海峡，他们来到了太平洋上。风和日丽，一切太平！根据当时的地理知识，他本以很快就能到达东方，然而太平洋的广袤浩瀚实在是大大出乎他的意料。从1520年11月28日直到1521年的3月6日，他们在太平洋上整整漂泊了三个多月，才到了关岛，这一段航程堪称是死亡之旅。在这三个多月的时间里，他们吃光了所有的干粮和储备的食物，不得不吃剩下的那些生了蛆的碎屑。携带的淡水也腐臭不堪，变成了黄色。他们甚至吃了船上用来编成皮绳索的皮子或皮革，因为这些皮革非常坚硬，只好把它们用细绳拴住放入海水中浸泡，泡上四五天，变软了才能吃。水尽粮绝，他们只得靠饮污水、吃木屑，甚至在船上食老鼠为生，许多水手因此得了坏血病死去。
后来他们又经过几个岛屿，来到菲律宾的宿务岛并介入了土著部落间的斗争。4月27日，麦哲伦在与菲律宾的土著冲突中被杀死。他的副手阿尔卡诺接替了麦哲伦的统帅职务。阿尔卡诺当初也参与了复活节叛乱，但麦哲伦怜惜他的航海才干，赦免了他，让他戴着铁链做了50天的苦力就恢复了他的自由，并委以重任。由于在太平洋的大海里和在菲律宾战役中损失不少水手，只剩下115人，无法行驶三条船，康塞普辛号遂被抛弃。后来发现特里尼达号漏水，修补困难也抛弃了。1522年9月6号，只有阿尔卡诺带领着17名水手，历经整整三年的风涛险阻，饥饿疾病和血腥杀戮，驾驶着维多利亚号回到了西班牙，完成了人类历史上的第一环球航行！
由于葡萄牙国王的目光短浅，心胸狭窄，拒绝了哥伦布，赶走了麦哲伦。所以地理大发现时代，发现新大陆和环球航行这两颗最耀眼的珍珠戴在了西班牙的皇冠上，虽然本来是应该戴在葡萄牙的皇冠上的。此后在西葡两国的争霸战中，葡萄牙渐落下风，一度为西班牙所并吞，沦为附属国。而西班牙则成为世界霸主，无敌舰队耀武扬威，横行大西洋和地中海，所向无敌！但是后起的英荷法等国则开始挑战西班牙，在1588年格瑞夫兰的大海战中，英国击败西班牙无敌舰队，登上世界舞台，成为新的世界霸主，这是后话了。
为了从西葡手中抢夺海外殖民地，新的强权英荷法等纷纷派出探险队，到美洲和太平洋探险，这其中哈德逊的四次北美探险是非常有名的。哈德逊的生卒年月都不确定，他大约1565年生于英国伦敦，卒于1611年之后。就在麦哲伦环球航行发现到达东方的新航道之后，欧洲很热闹了一通。但是后来发现，这个新航道并不具有任何经济价值。因为麦哲伦海峡几乎到了南美的最南端，离南极圈只有咫尺之遥。从欧洲到亚洲要绕这么大个圈，尤其太平洋又是如此宽阔，代价非常高昂，这是条不可行的水路，所以寻找北美的“麦哲伦海峡”就顺理成章了。
1607年夏，哈德逊受雇于英国的摩思科依公司，带了十几个人向北美洲进发。考察了格陵兰岛和加拿大东北部的一些岛屿，称发现了不少鲸鱼。因为深入北极圈内，纬度太高（80度），夏天里也浮冰充塞，难于航行，四个半月后即返回伦敦。
1608年夏，哈德逊再次远航，但选了挪威北边的航线。航线同样遇到冰山阻碍，无法前行，四个多月后无功而返。
1609年夏，哈德逊改换门庭，为荷兰的东印度公司雇用，驾驶半月号帆船，再次探索东北通道。北美洲本来就没有天然通道，无论你怎么探，当然只能是徒劳。此行虽未找到东北通道，但却详细地考察勘探了了纽芬兰，鳕鱼角，特拉华湾，切萨皮克湾，纽约长岛湾，哈德逊河，并沿河上溯到奥尔巴尼。绘制和很多精确的地图，成绩相当丰硕。为了把儿子培养成伟大的探险家，探险时哈德逊还带上了他的十几岁的儿子。
1610年-1611年，哈德逊受英国东印度公司和弗吉尼亚公司派遣，驾驶发现号第四次来到北美洲，任务还是寻找西北通道。哈德逊与6月25日到达拉布拉多北端的哈德逊海峡，做了一个多月的考察后，于8月2日进入哈德逊湾。略呈圆形的哈德逊湾巨大无比，水面面积约123万平方公里，仅次于孟加拉湾，是世界上第二大海湾。要勘查如此广阔的水域，寻找每一个可能的通道，真是件非常艰苦的工作。哈德逊花费几个月的时间才考察了东岸和南岸，直到最南端的詹姆斯湾，也没有找到通往太平洋的水道，而水面却开始结冰，他们就被困在詹姆斯湾的岸边，度过一个严酷的冬天。
1611年夏天冰雪消融后，哈德逊要求继续探索哈德逊湾，但是饱受严冬折磨的水手们出来一年多了，都想回家。几番冲突之后，水手们哗变了！根据叛乱者普里克特的日记记述，主谋是哈德逊的两个好朋友，朱埃和格林。他们把哈德逊和他的儿子，还有六个患坏血病的船员赶到一只小艇上，给了他们一点食物用品就扬长而去。
13名叛乱者中，有8人返回到欧洲。他们遭到了逮捕，被指控为蓄意谋杀，但最后还是被判无罪释放。因为当时探险过新大陆的人才甚为稀少，诸多探险公司和移民公司都把他们当作宝贝，以利用他们的经验和本领，或获取新大陆的各种宝贵信息和知识。
还是据叛乱者的日记说，他们甩掉小艇后，开始还能看见小艇跟在后面，后来就看不见了。从此再也没有人听到过哈德逊，一个伟大的探险家从此消失了，人间蒸发了。有人推测，哈德逊等8人一定被叛乱者谋杀后抛尸水中，否则这八人中就可能有人挣扎上岸，追究叛乱者的罪责。但缺乏确凿证据，所以只能说，哈德逊失踪了，失踪在哈德逊湾浩瀚的波涛中，失踪在历史的迷雾里。